Farfalle ολικής σε στρώσεις στο φούρνο (Το Πρωινό 11.10.14)

500 γρ. farfalle ολικής άλεσης 3 κ.σ. ελαιόλαδο 1 ξερό κρεμμύδι σε λεπτές φέτες 2 σκ. σκόρδο σπασμένες 2 πιπεριές, πράσινη και κόκκινη σε φέτες 2 καρότα τριμμένα 2 κολοκύθια σε πολύ λεπτές φέτες 2 χωριάτικα λουκάνικα αποφλοιωμένα 2 συσκευασίες σάλτσα ντομάτας με βασιλικό 300 γρ. ανθότυρο 200 γρ. φέτα λίγο φρέσκο θυμάρι και φρέσκια ρίγανη αλάτι πιπέρι